Le nouveau coronavirus

Le nouveau coronavirus ou
nCoV-EMC

MERS (Middle-East Respiratory Syndrome)

 

Depuis le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) détecté en 2003 (voir image ci-contre), les virologues doivent identifier de nouveaux virus pathogènes et établir leur carte d'identité génétique. Il s'agit de réaliser des tests diagnostiques en urgence et de contrer un éventuel risque de pandémie provoqué par ces maladies totalement nouvelles (maladies dites émergentes), jamais identifiées auparavant dans une zone géographique donnée ou encore affection connue mais dont le virus vient d'être identifié.

 

En 2003, le coronavirus du SRAS s'est propagé dans 30 pays, responsable de 8098 cas et de 774 décès. Le premier cas a été observé en novembre 2002 dans la province de Guangdong (Chine). Le dernier cas de SRAS a été recensé en Chine le 25 juin 2003.

 

Le MERS (Middle-East Respiratory Syndrome)

Il a provoqué le décès, le 24 juin 2012, d'un premier patient en Arabie Saoudite. On a rétrospectivement déterminé que les premiers cas étaient apparus en avril 2012 en Jordanie, à l'hôpital de Zarka, à 25 km au nord-est d'Amman. Au 19 juin, on comptait 64 cas, dont 38 décès.

 

Découvert fin 2012 chez un patient décédé en Arabie Saoudite, ce coronavirus s'est révélé être un "cousin" de celui du SRAS.

 

Le 26 mars 2013, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) annonçait le décès en Allemagne d'un homme de 73 ans infecté par ce "nouveau coronavirus" (appelé "nCoV-EMC" (pour nouveau coronavirus) appelé depuis MERS pour Middle-East Respiratory Syndrome. Le patient, originaire des Émirats arabes unis, avait été transporté d'Abu Dabi à Munich quelques jours auparavant. L'OMS signalait alors qu'un total de 17 cas d'infections par ce virus, dont 11 décès, était recensé.

 

Bilan en juin 2013 : le MERS s'est montré particulièrement virulent : 64 cas ont été recensés dans le monde, dont 49 en Arabie Saoudite (32 morts), 2 en Jordanie (mortels), 3 au Royaume-Uni (2 morts), 1 aux Émirats arabes unis (mortel), 2 en France (1 mort), 3 en Italie, 2 au Qatar et 2 en Tunisie.

 

La traque du nouveau virus

 

La traque du MERS est emblématique de la façon dont les grands laboratoires de virologie, les organisations sanitaires nationales et l'OMS se mobilisent face à ces menaces biologiques. Comment détecte-t-on un virus jusqu'alors inconnu chez un patient atteint d'une maladie pulmonaire grave ? C'est le séquençage qui permet de savoir si le virus est connu ou émergent.

 

Une série d'examens est d'abord réalisée sur les prélèvements respiratoires du patient hospitalisé, comme cela a été le cas en juin 2012 à l'hôpital de Djedda, en Arabie Saoudite. Les biologistes utilisent pour cela la technique dite RT-PCR (Réaction en chaîne par polymérase) pour détecter la présence du matériel génétique d'une dizaine de virus respiratoires connus.

 

Lorsque les résultats sont négatifs, un autre outil, la « puce à ADN », va rechercher simultanément la présence d'une centaine de pathogènes ; celle développée par l'Institut Pasteur, à Paris, permet, par exemple, de repérer 126 virus différents. « Pourtant, il arrive que l'on parvienne seulement à identifier un virus de grippe A, sans pouvoir déterminer le sous-type viral, tel que H1N1, H5N1, H9N2... », précise Vincent Enouf, directeur adjoint du Centre national de référence pour la grippe à l'Institut Pasteur (Paris).

 

C'est alors qu'intervient le séquençage, qui permet d'établir la carte d'identité génétique du virus et de la comparer avec celles des banques de données. On peut ainsi savoir s'il s'agit ou non d'un virus connu.

 

Cette opération connaît depuis 2005 une accélération considérable grâce au séquençage à haut débit. La première étape consiste à obtenir une énorme quantité de fragments de tailles différentes correspondant a des régions dispersées de façon aléatoire au sein du génome viral. Des programmes bio-informatiques sophistiqués sont alors mis en œuvre pour assembler, dans le bon ordre, les millions de fragments générés et reconstituer la totalité de la séquence génétique du virus recherché.

 

« En 2003, une équipe canadienne mobilisant de très nombreux chercheurs avait mis une semaine pour séquencer le génome du SRAS. Aujourd'hui, un seul chercheur y parvient en une journée », indique le Pr Lipkin. En septembre 2012, le séquençage à haut débit a ainsi permis à une équipe néerlandaise, qui venait de recevoir des prélèvements respiratoires d'un patient saoudien, de déterminer que l'agent causal était bien un nouveau coronavirus (MERS).

 

La découverte a pu être annoncée le 20 septembre sur le site Internet ProMED, puis, une semaine plus tard, l'équipe du Pr Christian Drosten, de l'université de Bonn (Allemagne), rapportait la mise au point d'un test de détection moléculaire par « RT-PCR en temps réel » dans la revue en ligne Eurosurveillance. Afin de rapidement valider ce test pour une utilisation à grande échelle, plusieurs laboratoires internationaux ont utilisé un gène synthétique, mimant le vrai virus, mais construit par voie chimique à partir de la séquence génétique publiée. « II nous a servi à vérifier que notre test détectait bien la présence du nouveau virus qu'il est censé rechercher, précise le Pr Jean-Claude Manuguerra, responsable de la Cellule d'intervention biologique d'urgence à l'Institut Pasteur (Paris). Nous avons pu disposer de ce test dès le 20 octobre 2012. Nous étions donc opérationnels lors des premiers cas d'infection par le MERS à Valenciennes et à Lille début mai. Imaginez si nous n'avions pas eu cet outil à temps ! »

L'analyse des deux cas français a aussi montré que la période d'incubation, entre neuf et douze jours, pouvait dépasser celle auparavant observée dans les cas similaires survenus au Royaume-Uni. Cela a d'importantes conséquences en pratique clinique, tant pour évoquer un cas probable que pour exclure un cas suspect. « il a fallu, pour les épidémiologistes de l'Institut de veille sanitaire (InVS), identifier dans l'Hexagone et suivre pendant dix jours 123 personnes ayant été en contact avec le premier patient, mais aussi 39 autres de l'entourage du second patient, qui avait été contaminé par le premier dont il partageait la chambre a l'hôpital », confie le Pr Arnaud Fontanet, chef de l'Unité de recherche et d'expertise épidémiologie des maladies émergentes à l'Institut Pasteur. Autre impératif : affiner la description de la nouvelle maladie dans ses symptômes typiques et atypiques (comme la possible survenue d'une diarrhée isolée avant les signes respiratoires) et ses facteurs de risques (immunosuppression), avec mise à jour régulière sur Internet.

 

Un cousin du virus du SRAS

 

Depuis la panique mondiale provoquée par l'épidémie due au coronavirus du SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère), tout nouveau coronavirus responsable de maladie sévère est observé avec quelque inquiétude. Cette vaste famille de virus comprend beaucoup de virus bénins, ne déclenchant rien de plus qu'un banal rhume. Mais le "nCoV-EMC" semble pour le moins agressif au vu du nombre de décès survenus parmi les cas recensés. C'est en septembre dernier que la première alerte de l'OMS autour de ce nouveau virus est survenue : un patient de 49 ans, de nationalité qatarie, s'était rendu en Arabie Saoudite peu de temps avant de tomber malade et avait été traité pour une infection respiratoire grave dans un hôpital à Londres. Il avait contracté un virus jusque-là inconnu.

 

 

L'agence britannique pour la protection de la santé a comparé le virus de ce patient à un autre virus, isolé en Arabie Saoudite en juin 2012 chez un patient de 60 ans, qui venait d'être séquencé au Centre Médical Erasmus à Rotterdam (Pays-Bas) : il s'agissait du même "nouveau coronavirus".

 

Comme lui, hCoV-EMC appelé désormais le MERS, entraîne des complications respiratoires majeures, voire des défaillances de certains organes (reins). Fin mars, il n'avait été dépisté que chez quinze patients, mais neuf en étaient morts. On est encore loin de la pandémie, mais le mode de transmission de ce virus préoccupe : si son origine est animale (chauve-souris), il pourrait désormais se transmettre d'homme à homme. De nouveaux cas ont en effet été confirmés en Angleterre en février, chez des personnes n'ayant pas voyagé.

 

Un homme âgé de 65 ans, avait été hospitalisé à l’hôpital de Valenciennes le 23 avril 2013, après un séjour à Dubai, pour des troubles digestifs puis transféré au CHRU de Lille où l’infection par le MERS a été confirmée le 7 mai. Dans son cas, les praticiens ont mis en évidence ce coronavirus et le patient a été placé mis sous assistance respiratoire. Il est malheureusement décédé fin mai 2013. Durant les trois jours d'observation, il a eu le temps de contaminer son voisin de chambre dont l'état respiratoire s’est rapidement dégradé. Il a dû être placé sous assistance respiratoire par respirateur au même service des urgences à Lille.

 

La contamination homme/homme est ainsi avérée et tous les voyageurs qui ont pu être en contact avec ce touriste ont été contactés. Fin mai 2013, 38 cas d’infection au nouveau coronavirus ont été rapportés dans le monde ; 21 sont décédés.

 

En ce qui concerne les autorités, aucune consigne particulière n'a été donnée, si ce n'est de signaler à son médecin traitant ou au centre 15 tout symptôme évocateur (toux, troubles respiratoires, fièvre) dans les jours qui suivent un voyage au Proche ou Moyen-Orient. Et bien entendu, de suivre les mesures d’hygiène classiques comme le lavage des mains plusieurs fois par jour.

 

Doit-on craindre une épidémie à l'instar de celle qu'avait provoqué le coronavirus du SRAS ? « Le nouveau coronavirus ne semble pas se transmettre facilement entre les individus alors que le virus du SRAS était beaucoup plus transmissible », souligne l'OMS. Si l'organisation ne recommande aucune restriction dans les voyages ou les échanges commerciaux au regard de ce nouveau virus, elle « encourage tous ses États membres à continuer leur surveillance des infections respiratoires aiguës sévères ».

 

Les recherches se poursuivent à travers le monde pour cerner le nouveau coronavirus proche du Sras, qui sévit actuellement au Moyen-Orient. Est-il vraiment similaire à celui du Sras ? Comment se propage-t-il ? Quel est son réservoir naturel ? Peut-il être rapidement éliminé ? Les premiers éléments de réponse n’incitent pas à l’optimisme.

 

Le docteur Christian Drosten et son équipe de l’université de Bonn (Allemagne) suivent à la trace ce nouveau coronavirus du MERS répondant au nom de code hCoV-EMC. Le fait que son réservoir n’a pas encore été identifié est particulièrement inquiétant », explique-t-il.

 

Pour l’heure, les médecins ont constaté que ce coronavirus entraînait une pneumonie sévère, et bien souvent aussi une insuffisance rénale. « Il est effectivement proche du Sras et entraîne le même type d’affections », poursuit Christian Drosten.

 

Un virus qui passerait de l’animal à l’Homme… et vice-versa

À partir de ce constat, l’enjeu est de trouver la porte d’entrée de ce virus dans l’organisme. Utilise-t-il le même récepteur cellulaire que le Sras, ce qui faciliterait grandement l’approche des chercheurs ? « La réponse est clairement non, poursuit Christian Drosten. Et nous ignorons encore le récepteur en question. »

Les scientifiques allemands sont également en quête du réservoir naturel de ce coronavirus. Comme ce fut le cas pour le Sras, la piste menant aux chauves-souris est suivie de près. « Notre étude montre que le hCoV-EMC peut infecter des cellules de différentes espèces de chauve-souris ce qui est totalement inhabituel pour un coronavirus », précise Christian Drosten. Et ce n’est pas tout : « il peut aussi infecter des porcs, ce qui laisse supposer qu’il existe un récepteur commun à ces animaux ».

Pour Christian Drosten, cette nouvelle n’est pas forcément réjouissante. « Si ce récepteur est présent par exemple à la surface des poumons, il est cohérent de penser que ce virus peut se transmettre de l’animal à l’Homme, et ensuite de l’Homme à l’animal, etc. Voilà qui le rendrait particulièrement difficile à éliminer… »

Un virus encore mystérieux

Aujourd'hui, ce nouveau virus reste encore mystérieux, le faible nombre de cas permettant peu de conclusions. L'infection qu'il provoque se manifeste par une pneumonie, une fièvre, des maux de tête, une toux précédant les complications respiratoires, et dans certains cas une insuffisance rénale aiguë. Ni son origine ni son mode de transmission ne sont connus. Le MERS vient-il du monde animal comme beaucoup de virus émergents ? Il semble assez proche de coronavirus isolés chez des chauves-souris, mais cela reste à étudier. Peut-il être transmis d'une personne à une autre ? Plusieurs membres d'une même famille (dont un avait fait un voyage au Moyen-Orient) ont été touchés au Royaume-Uni, ce qui suggère « la possibilité d'une transmission interhumaine limitée » selon l'OMS, qui précise : « il est possible que les membres de la famille infectés aient été exposés à une même source de l'infection dans leur habitation ou sur le lieu de travail».

L'Institut Pasteur s'est préparé à l'éventualité de l'apparition d'une telle maladie sur le territoire français : le Centre national de référence de la grippe comme la Cellule d'Intervention Biologique d'Urgence sont équipés de tests permettant de détecter le virus dans des prélèvements.

Les chauves-souris soupçonnées de constituer un réservoir de virus émergent

Le contact avec ces mammifères, plus fréquent avec l'extension de l'agriculture, est souvent à la source de flambées épidémiques.

Les chauves-souris, dont on compte plus de 1150 espèces, constituent le « réservoir » d'un grand nombre de virus dont celui de la rage, des fièvres hémorragiques Ébola et de Marburg, du virus Hendra, agent d'un syndrome respiratoire et neurologique mortel, et du virus Nipah, responsable d'une encéphalite ou d'une atteinte respiratoire.

 

Les activités humaines — comme une intensification agricole — peuvent favoriser un plus grand contact entre les chauves-souris, les animaux domestiques et les hommes. En 2005, lors d'une flambée épidémique due au virus Nipah au Bangladesh, la source était ainsi du jus frais de dattes contaminées par l'urine ou la salive de chauves-souris frugivores.

 

Dans le cas du SRAS, c'est la Civette palmiste masquée, petit carnivore consommé dans la région de Canton, qui a servi d'hôte intermédiaire entre les mammifères volants et l'homme. Quant au MERS, il est génétiquement proche de  deux virus de chauves-souris découverts en 2006 par des chercheurs de Hong Kong chez le Vespertilion du bambou et la Pipistrelle japonaise, minuscules chauves-souris insectivores.

 

Publiée en mars dans la revue Emerging Infections Diseases, une étude a montré que des coronavirus génétiquement très proches du MERS, mais plus éloignés du SRAS, ont été détectés dans 15 % des échantillons fécaux testés de pipistrelles européennes et 25 % de chauves-souris du Ghana. « Ces données génomiques montrent que des chauves-souris insectivores pourraient constituer un réservoir pour plusieurs coronavirus, qu'il s'agisse de ceux apparentes au MERS, du MERS lui-même et du coronavirus du SRAS ». indique le Pr Christian Drosten (université de Bonn, Allemagne). On ignore comment le MERS a pu passer de la chauve-souris à l'homme, même si les chameaux, les chèvres, et même les chats, ont été suspectés d'être des hôtes intermédiaires.

 

Ce coronavirus dévoile son mode d'action

Les chercheurs hollandais ont trouvé un indice majeur pour expliquer la transmission de ce redoutable virus. L'équipe du centre médical Erasmus, à Rotterdam, a découvert que sa voie d'entrée pour infecter l'homme est un récepteur appelé DPP4, situé sur la membrane de cellules des voies respiratoires ou du rein. Or, cette protéine est présente chez de nombreuses espèces, dont la chauve-souris.

 

"Nous cherchons à bloquer l'interaction entre le virus et cette protéine DPP4, et à découvrir si l'homme ne pourrait pas être contaminé par une autre espèce. Le virus pourrait transiter par le cochon, le chien ou le singe ", explique Bart Haagmans, coauteur des travaux.

 

Pays concernés par les cas confirmés, et pays limitrophes :

Arabie Saoudite, Bahreïn, Émirats Arabes Unis (Dubaï), Irak, Iran, Israël, Jordanie, Koweït, Liban, Oman, Qatar, Syrie, Territoires Palestiniens, Yémen.

 

Diagnostic :

L’infection à MERS se manifeste par une fièvre et des signes respiratoires (toux, pneumonie) pouvant se compliquer par un syndrome de détresse respiratoire aigüe et une insuffisance rénale aiguë.

La période d’incubation est actuellement estimée à 10 jours.

Donc tout patient revenant d'un pays à risque et présentant moins de 10 jours après son retour un syndrome pseudo grippal doit être considéré comme un cas possible.
De même tout patient contact (ex. famille, soignants) d’un cas possible ou confirmé, ayant présenté une infection respiratoire aiguë quelle que soit sa gravité, dans les 10 jours suivant le dernier contact avec le cas possible/confirmé pendant que ce dernier était malade doit être considéré comme un cas possible.

Organisation de la prise en charge des cas suspects

Il convient de ne pas orienter d’emblée le cas vers les secteurs d’accueil des urgences, mais d’organiser directement sa prise en charge avec le SAMU et mettre en place les mesures d'isolement, afin d’éviter le contact avec d’autres patients. Port d'un masque respiratoire type FFP2, désinfection des mains avec un soluté hydro-alcoolique.

Le coronavirus est sensible à l’hypochlorite de sodium (eau de Javel) et à l’éthanol à 70 %.

 

Signalement - Déclaration

 

Tout cas suspect doit être déclaré sans délai à :

-l’ARS de la région où il a été identifié, via la plateforme régionale de recueil des signalements,

-l’InVS par courriel ( [e-mail])

ou par téléphone (astreinte 24h/24) : 08 20 42 67 15.

En précisant s’il existe des personnes co-exposées ou des contacts étroits à investiguer

Le classement en cas possible sera alors fait par l’InVS en lien avec le clinicien déclarant.

Liste et Coordonnées des « plates-formes régionales de veille et d'urgence sanitaire :

Midi-Pyrénées : [e-mail], tel : [phone]

Poitou- Charentes : [e-mail], tel : [phone]

Limousin : [e-mail], tel : [phone]

Aquitaine : [e-mail], tel : [phone]

Rhône-Alpes : [e-mail], tel : [phone]

Auvergne : [e-mail], tel : [phone]

PACA : [e-mail], tel : [phone]

Languedoc-Roussillon : [e-mail], tel : [phone]

Corse : [e-mail], tel : [phone]

Ile-de-France : [e-mail], tel : [phone]

Basse- Normandie : [e-mail], tel : [phone]

Centre : [e-mail], tel : [phone]

Bretagne : [e-mail], tel : [phone]

Haute- Normandie : [e-mail], tel : [phone]

Pays de la Loire : [e-mail], tel : [phone]

Picardie : [e-mail], tel : [phone]

Nord-Pas-de-calais : [e-mail], tel : [phone]

Champagne-Ardenne : [e-mail], tel : [phone]

Bourgogne : [e-mail], tel : [phone]

Franche-Comté : [e-mail], tel : [phone],

hors heures ouvrées : tel : [phone]

Lorraine : [e-mail], tel : [phone]

Alsace : [e-mail], tel : [phone]

hors heures ouvrées : tel : [phone]

Le numéro vert d’information à destination du grand public 0800 13 00 00 est joignable du lundi au samedi de 9h à 19h.

Sources :

Doctissimo

FuturaSciences

Lettre de l'Institut Pasteur n° 81, mai 2013.

Gozlan M. (2013). - Course de vitesse contre les virus, Sciences et Avenir, n° 797, juillet 2013, pp. 10-13.

NOTA :

Premier cas à Shanghai (Chine), détecté le 19 février 2013, un nouveau virus grippal aviaire vient d'émerger : il s'agit du H7N9. Notification le 31 mars à l'OMS de ce nouveau virus grippal aviaire, après la survenue de trois autres cas. Au 30 mai 2013, on comptait 132 cas et 37 morts.